たとえば、How did you come? は「どうやって来ましたか。」という意味になります。Did you come? だけでは「来ましたか。」というだけで、来たかどうかのみを聞きます。それに対して、「how」を加えた How did you come? は、「どうやって来ましたか。」というように、来た「方法」を聞くことになります。
次は疑問文になるまでの流れですが、答えが I came by bus.(私はバスで来ました。)だった場合は、次のようになります。
How do you say it in English?(それは英語で何と言うのですか。)
How did she do it?(彼女はどのようにそれをしたのですか。)
How is your mother?(あなたの母はいかがですか。)
How was the weather in Hakodate yesterday?
(昨日函館の天気はどうでしたか。)
It was fine.(いい天気でしたよ。)