そこで「彼は庭にいます。」という意味では、彼が「庭の中」にいると考えられるので、He is in the garden. になります。
それに対して「彼女はバス停にいます。」は、彼女がバス停という「ある地点」にいると考えられるので She is at the bus stop. になります。
次は「in」の例です。
in a box(箱の中に) in a room(部屋の中に) in the sea(海の中に)
We played in the park.(私達は公園で遊びました。)
次は「at」の例です。
at the door(ドアのところに) at the traffic light(信号機で) at the end of the hall(廊下の突き当たりで)