What happened? は(何が起きたのですか。)という意味です。「happen」は動詞で、その前が主語の位置になります。そこに「What」を置くと、「(何が)happened?」というようになります。「Who」の場合と同じ考え方です。(このwhoの用法については、基礎からの英語学習Day13を参照してください。)
What made you happy?(何があなたを楽しくさせたのですか。)
What's up? は「どうしたのですか。」というように、What happened? と似た意味があります。もともとの形は What has come up? でした。これは、あいさつとしても使われます。
また、「やあ、どうしている。」というように、軽い意味のあいさつとしては What's new? も使われます。
What time is it? は「何時ですか。」という意味です。このように<What+名詞>で、「何の~」というように聞くことができます(形容詞的)。「Which」の場合と同じ考え方です。(このwhichの用法については、基礎からの英語学習Day14を参照してください。)
型は次のようになりますが、「What」に「time」などの名詞を続けてから、普通の疑問文のようにしていきます。
What kind of car do you like?(何の種類の車が好きですか。)
What size are your shoes?(あなたの靴は何サイズですか。)