If I had eaten that cake, I would have a stomachache.
(もしも私があのケーキを食べていたら、「今頃は」腹痛をおこしていただろう。)
この文のIf I had eaten that cake は仮定法過去完了で、時間的には過去に対する仮定を表しています。それに対してI would have a stomachache は仮定法過去なので時間的には現在に対する仮定を表しています。
これは「あのときケーキを食べなかったので(過去の時点)、今は腹痛をおこさずにいる(現在の時点)。」という意味で解釈します。